The genome sequence of S. avermitilis was obtained by whole genome shotgun sequencing in combination with sequencing of additional cosmid clones for gap-filling. About 10,000 cosmid end-sequences were used to estimated adjacent contig pairs and to evaluate correct assembly through the project. Each insert of the cosmid clone was estimated the location on the genome after completion of the project.

No.	Cosmid Name	start	end	length	overlap
1	CL_090_H01	2776	40018	37242	14026
2	CL_222_H03	25992	72630	46638	21949
3	CL_240_F01	50681	87835	37154	6396
4	CL_219_F09	81439	120831	39392	24253
5	CL_220_H04	96578	138650	42072	21589
6	CL_222_E12	117061	154769	37708	10822
7	CL_218_D08	143947	187308	43361	12723
8	CL_089_A03	174585	211611	37026	15887
9	CL_240_D12	195724	239478	43754	21823
10	CL_239_H05	217655	264872	47217	14095
11	CL_238_G07	250777	294567	43790	12936
12	CL_070_C03	281631	316959	35328	22629
13	CL_236_C02	294330	337124	42794	11440
14	CL_238_B05	325684	363325	37641	5301
15	CL_237_G11	358024	398337	40313	23490
16	CL_222_F01	374847	416466	41619	12990
17	CL_240_A05	403476	448407	44931	10302
18	CL_226_F03	438105	479923	41818	8166
19	CL_240_D05	471757	514003	42246	8930
20	CL_232_A01	505073	552275	47202	10540
21	CL_219_D07	541735	583563	41828	11634
22	CL_217_H12	571929	615372	43443	8646
23	CL_214_E10	606726	644599	37873	1019
24	CL_215_E07	643580	689372	45792	38185
25	CL_225_B10	651187	691814	40627	7973
26	CL_223_E05	683841	723946	40105	7752
27	CL_220_F03	716194	762505	46311	15054
28	CL_218_C11	747451	787629	40178	19918
29	CL_228_E02	767711	812186	44475	18232
30	CL_240_E12	793954	837935	43981	11619
31	CL_236_D01	826316	866614	40298	6424
32	CL_044_G02	860190	896109	35919	21054
33	CL_226_B02	875055	915971	40916	27024
34	CL_228_H06	888947	926589	37642	6474
35	CL_236_A01	920115	961861	41746	7611
36	CL_218_F05	954250	991730	37480	15569
37	CL_226_D09	976161	1018180	42019	4580
38	CL_224_H08	1013600	1054794	41194	37485
39	CL_232_A06	1017309	1056814	39505	7566
40	CL_222_A09	1049248	1093697	44449	13392
41	CL_237_E05	1080305	1124615	44310	9662
42	CL_226_D05	1114953	1158403	43450	25894
43	CL_222_B11	1132509	1173286	40777	7636
44	CL_224_F03	1165650	1203992	38342	15254
45	CL_225_A12	1188738	1229432	40694	12312
46	CL_240_F11	1217120	1255238	38118	23707
47	CL_220_E05	1231531	1271811	40280	11432
48	CL_224_D08	1260379	1308755	48376	17645
49	CL_238_E12	1291110	1329203	38093	22407
50	CL_237_C01	1306796	1343552	36756	13424
51	CL_224_E02	1330128	1371097	40969	11832
52	CL_217_A08	1359265	1402467	43202	12821
53	CL_215_H04	1389646	1427563	37917	13519
54	CL_222_G11	1414044	1452120	38076	12134
55	CL_217_D09	1439986	1476544	36558	13792
56	CL_225_G12	1462752	1501112	38360	14116
57	CL_214_C05	1486996	1531415	44419	7578
58	CL_236_H04	1523837	1565145	41308	4594
59	CL_238_C05	1560551	1602847	42296	10193
60	CL_222_F04	1592654	1631535	38881	13962
61	CL_232_C02	1617573	1656769	39196	15686
62	CL_224_H07	1641083	1684151	43068	9403
63	CL_228_B07	1674748	1717116	42368	12747
64	CL_218_G02	1704369	1746415	42046	19722
65	CL_239_G05	1726693	1766309	39616	14077
66	CL_225_F07	1752232	1789754	37522	17086
67	CL_226_D01	1772668	1812873	40205	9611
68	CL_216_C08	1803262	1842689	39427	23723
69	CL_237_A08	1818966	1857536	38570	14675
70	CL_216_H07	1842861	1884623	41762	9680
71	CL_239_A06	1874943	1911883	36940	23980
72	CL_216_H09	1887903	1926719	38816	30991
73	CL_226_B07	1895728	1942753	47025	9871
74	CL_240_A12	1932882	1971155	38273	22111
75	CL_216_B10	1949044	1994166	45122	15034
76	CL_219_B05	1979132	2018043	38911	9257
77	CL_237_H09	2008786	2053845	45059	9621
78	CL_216_G01	2044224	2091539	47315	11965
79	CL_217_C01	2079574	2122980	43406	4889
80	CL_236_B06	2118091	2157368	39277	22546
81	CL_223_D03	2134822	2178608	43786	7519
82	CL_236_C10	2171089	2210843	39754	8982
83	CL_225_G07	2201861	2245487	43626	11830
84	CL_240_G04	2233657	2269056	35399	11115
85	CL_230_F08	2257941	2297941	40000	28933
86	CL_237_C06	2269008	2311080	42072	38077
87	CL_215_H05	2273003	2318670	45667	8426
88	CL_216_B04	2310244	2353928	43684	13440
89	CL_224_H03	2340488	2384432	43944	32375
90	CL_224_A03	2352057	2398419	46362	12228
91	CL_240_D09	2386191	2430575	44384	11728
92	CL_225_E11	2418847	2459630	40783	24328
93	CL_215_F01	2435302	2482767	47465	10206
94	CL_007_E10	2472561	2503531	30970	8767
95	CL_218_G07	2494764	2531695	36931	24515
96	CL_214_C02	2507180	2550931	43751	19193
97	CL_218_G11	2531738	2572286	40548	14198
98	CL_218_E10	2558088	2595105	37017	6627
99	CL_221_F04	2588478	2628478	40000	21912
100	CL_223_A06	2606566	2644919	38353	39035
101	CL_228_H03	2605884	2652879	46995	13843
102	CL_216_A05	2639036	2682578	43542	19994
103	CL_222_F07	2662584	2707669	45085	23030
104	CL_236_F08	2684639	2727167	42528	14135
105	CL_219_E03	2713032	2757002	43970	4514
106	CL_236_E08	2752488	2796544	44056	23424
107	CL_232_F01	2773120	2811212	38092	7204
108	CL_222_G05	2804008	2850514	46506	29433
109	CL_216_C02	2821081	2867644	46563	14336
110	CL_220_H08	2853308	2890078	36770	10618
111	CL_225_D07	2879460	2923107	43647	35023
112	CL_220_G03	2888084	2929235	41151	11184
113	CL_215_E05	2918051	2958527	40476	15801
114	CL_092_C03	2942726	2968666	25940	12627
115	CL_034_E03	2956039	2980630	24591	16892
116	CL_236_H05	2963738	3010273	46535	28148
117	CL_007_F12	2982125	3011536	29411	18678
118	CL_030_D04	2992858	3026250	33392	8806
119	CL_238_E03	3017444	3059725	42281	32371
120	CL_224_A01	3027354	3068657	41303	34288
121	CL_236_G10	3034369	3080903	46534	14714
122	CL_231_F01	3066189	3106189	40000	18828
123	CL_222_C07	3087361	3130231	42870	20283
124	CL_226_F09	3109948	3149016	39068	19338
125	CL_226_H09	3129678	3171549	41871	22383
126	CL_070_H10	3149166	3178901	29735	14564
127	CL_216_F08	3164337	3203916	39579	18942
128	CL_239_F12	3184974	3230073	45099	12442
129	CL_226_C05	3217631	3260633	43002	27924
130	CL_226_F02	3232709	3278183	45474	15008
131	CL_226_E08	3263175	3305182	42007	9160
132	CL_223_B02	3296022	3339082	43060	7011
133	CL_228_G01	3332071	3377185	45114	18908
134	CL_220_F07	3358277	3395189	36912	19153
135	CL_047_G07	3376036	3409558	33522	12621
136	CL_238_C10	3396937	3433554	36617	9790
137	CL_218_B09	3423764	3460228	36464	4073
138	CL_215_D12	3456155	3493813	37658	24444
139	CL_217_C05	3469369	3505573	36204	8611
140	CL_216_H08	3496962	3534118	37156	14322
141	CL_216_B09	3519796	3559681	39885	9374
142	CL_217_H04	3550307	3595465	45158	18249
143	CL_217_C10	3577216	3623076	45860	7991
144	CL_216_D09	3615085	3652465	37380	11542
145	CL_053_D05	3640923	3668821	27898	9079
146	CL_063_C12	3659742	3687749	28007	10349
147	CL_218_C08	3677400	3721329	43929	26283
148	CL_222_A05	3695046	3736678	41632	2463
149	CL_216_D07	3734215	3781090	46875	20934
150	CL_219_D03	3760156	3803044	42888	5337
151	CL_226_E01	3797707	3837540	39833	20260
152	CL_240_C10	3817280	3859536	42256	10348
153	CL_214_G08	3849188	3893910	44722	30808
154	CL_240_F12	3863102	3911194	48092	12987
155	CL_238_B12	3898207	3938805	40598	23834
156	CL_080_C11	3914971	3947220	32249	20443
157	CL_077_C05	3926777	3958540	31763	11114
158	CL_080_D11	3947426	3977562	30136	22738
159	CL_065_H03	3954824	3986186	31362	6427
160	CL_217_G03	3979759	4027892	48133	3881
161	CL_228_G04	4024011	4067850	43839	19697
162	CL_215_C06	4048153	4089786	41633	10982
163	CL_238_G10	4078804	4119383	40579	18263
164	CL_236_D02	4101120	4144600	43480	28528
165	CL_219_H04	4116072	4151448	35376	9501
166	CL_217_E10	4141947	4190866	48919	17027
167	CL_224_C07	4173839	4215489	41650	12161
168	CL_223_A01	4203328	4237648	34320	12804
169	CL_238_C03	4224844	4266676	41832	2445
170	CL_232_A10	4264231	4309472	45241	18705
171	CL_216_A08	4290767	4331800	41033	18245
172	CL_226_H12	4313555	4355558	42003	7063
173	CL_070_A03	4348495	4385951	37456	15142
174	CL_217_C08	4370809	4409907	39098	18430
175	CL_240_D10	4391477	4430576	39099	17971
176	CL_238_F12	4412605	4458196	45591	20524
177	CL_236_C06	4437672	4481695	44023	15093
178	CL_216_D06	4466602	4511323	44721	8476
179	CL_215_E02	4502847	4540367	37520	20264
180	CL_239_C04	4520103	4560912	40809	3332
181	CL_236_H08	4557580	4598678	41098	22664
182	CL_224_A07	4576014	4618249	42235	19474
183	CL_218_B07	4598775	4643824	45049	15486
184	CL_220_D11	4628338	4671839	43501	15454
185	CL_218_D03	4656385	4701211	44826	9348
186	CL_224_C02	4691863	4739012	47149	7588
187	CL_220_B03	4731424	4775948	44524	17979
188	CL_220_H01	4757969	4798359	40390	24712
189	CL_226_C02	4773647	4821563	47916	8333
190	CL_224_B09	4813230	4856801	43571	10081
191	CL_223_E10	4846720	4884485	37765	18863
192	CL_218_E07	4865622	4902497	36875	19362
193	CL_065_H06	4883135	4909225	26090	26051
194	CL_225_E04	4883174	4925145	41971	4199
195	CL_005_C07	4920946	4946541	25595	28682
196	CL_069_E12	4917859	4945837	27978	8882
197	CL_065_G07	4936955	4969272	32317	30274
198	CL_236_D12	4938998	4976444	37446	13213
199	CL_236_C08	4963231	5007837	44606	8382
200	CL_237_E11	4999455	5043998	44543	4496
201	CL_216_E07	5039502	5085598	46096	38036
202	CL_215_A11	5047562	5088235	40673	4275
203	CL_236_E10	5083960	5125325	41365	10112
204	CL_240_A10	5115213	5158798	43585	11729
205	CL_225_B05	5147069	5183881	36812	21720
206	CL_239_D08	5162161	5206440	44279	9517
207	CL_228_F08	5196923	5236152	39229	11174
208	CL_220_E04	5224978	5268102	43124	14060
209	CL_240_A04	5254042	5291819	37777	12026
210	CL_217_G07	5279793	5318033	38240	8488
211	CL_225_E06	5309545	5349109	39564	11129
212	CL_215_B05	5337980	5380358	42378	22796
213	CL_216_E09	5357562	5402124	44562	22073
214	CL_232_H04	5380051	5423722	43671	21573
215	CL_221_B07	5402149	5442149	40000	18201
216	CL_236_F07	5423948	5462506	38558	20172
217	CL_219_F04	5442334	5477036	34702	6042
218	CL_238_D02	5470994	5516567	45573	16083
219	CL_237_A07	5500484	5548185	47701	11121
220	CL_239_C05	5537064	5585170	48106	17292
221	CL_225_G11	5567878	5611846	43968	4132
222	CL_225_A11	5607714	5644184	36470	16151
223	CL_218_G05	5628033	5666806	38773	19833
224	CL_224_F11	5646973	5691257	44284	12316
225	CL_218_H09	5678941	5723539	44598	18918
226	CL_217_G05	5704621	5743551	38930	4746
227	CL_220_D04	5738805	5783161	44356	15690
228	CL_217_C11	5767471	5809495	42024	4527
229	CL_239_G02	5804968	5851800	46832	11354
230	CL_220_G09	5840446	5884250	43804	4112
231	CL_214_A10	5880138	5924156	44018	21363
232	CL_228_F07	5902793	5945934	43141	10143
233	CL_218_B04	5935791	5969840	34049	13025
234	CL_070_H11	5956815	5979541	22726	6972
235	CL_218_C01	5972569	6008978	36409	27836
236	CL_218_C09	5981142	6022333	41191	20413
237	CL_228_E12	6001920	6047299	45379	4011
238	CL_216_D05	6043288	6084777	41489	33651
239	CL_236_H11	6051126	6086384	35258	2381
240	CL_232_E09	6084003	6122396	38393	2637
241	CL_226_B09	6119759	6158439	38680	22281
242	CL_218_E06	6136158	6178075	41917	13191
243	CL_240_F06	6164884	6210093	45209	7641
244	CL_046_A08	6202452	6241563	39111	31426
245	CL_228_A06	6210137	6251424	41287	17999
246	CL_220_G12	6233425	6273914	40489	4178
247	CL_224_C04	6269736	6314906	45170	13213
248	CL_223_H02	6301693	6337385	35692	11528
249	CL_070_B05	6325857	6355854	29997	6352
250	CL_237_A06	6349502	6389378	39876	10085
251	CL_216_C06	6379293	6419639	40346	14011
252	CL_215_A10	6405628	6444386	38758	24445
253	CL_070_G01	6419941	6449914	29973	3653
254	CL_215_A08	6446261	6485365	39104	8138
255	CL_223_A05	6477227	6518567	41340	16112
256	CL_215_E04	6502455	6543239	40784	9521
257	CL_228_F04	6533718	6571221	37503	21144
258	CL_232_A11	6550077	6590055	39978	7212
259	CL_239_C03	6582843	6621995	39152	13139
260	CL_228_B02	6608856	6652740	43884	24296
261	CL_223_F05	6628444	6671717	43273	6281
262	CL_224_D05	6665436	6710290	44854	21733
263	CL_228_A04	6688557	6728183	39626	1815
264	CL_214_B12	6726368	6768507	42139	20051
265	CL_238_B04	6748456	6786646	38190	1571
266	CL_217_A02	6785075	6829181	44106	17798
267	CL_217_G04	6811383	6855715	44332	3929
268	CL_238_E05	6851786	6892670	40884	18112
269	CL_232_D10	6874558	6917821	43263	4897
270	CL_222_C05	6912924	6952766	39842	16147
271	CL_239_G08	6936619	6975830	39211	15983
272	CL_226_D06	6959847	6998726	38879	22895
273	CL_224_D11	6975831	7010526	34695	13698
274	CL_216_A06	6996828	7034240	37412	12826
275	CL_080_A02	7021414	7052721	31307	5153
276	CL_236_F03	7047568	7084904	37336	6036
277	CL_219_E07	7078868	7117668	38800	22610
278	CL_216_F06	7095058	7133075	38017	22162
279	CL_224_A08	7110913	7146130	35217	13806
280	CL_222_D10	7132324	7173029	40705	11389
281	CL_222_A02	7161640	7196815	35175	9965
282	CL_224_D02	7186850	7232585	45735	13805
283	CL_236_B04	7218780	7261729	42949	19036
284	CL_228_D09	7242693	7286333	43640	8832
285	CL_222_C09	7277501	7324535	47034	9436
286	CL_220_E12	7315099	7360693	45594	3365
287	CL_219_F05	7357328	7402043	44715	12586
288	CL_222_C12	7389457	7433977	44520	6163
289	CL_236_C04	7427814	7467537	39723	2239
290	CL_222_H01	7465298	7509069	43771	12061
291	CL_232_C08	7497008	7544795	47787	5961
292	CL_214_C12	7538834	7577334	38500	8136
293	CL_237_E08	7569198	7612472	43274	18266
294	CL_228_D08	7594206	7633442	39236	21038
295	CL_238_A06	7612404	7653332	40928	12365
296	CL_224_E06	7640967	7671654	30687	11689
297	CL_236_G09	7659965	7709139	49174	10351
298	CL_237_F04	7698788	7739815	41027	24274
299	CL_237_D01	7715541	7760965	45424	23685
300	CL_240_A06	7737280	7781574	44294	10137
301	CL_222_H09	7771437	7810834	39397	21389
302	CL_215_C04	7789445	7828605	39160	14176
303	CL_239_G04	7814429	7849680	35251	8466
304	CL_222_B03	7841214	7879143	37929	8962
305	CL_216_G02	7870181	7912687	42506	22824
306	CL_220_C08	7889863	7936362	46499	16259
307	CL_224_D07	7920103	7964101	43998	11253
308	CL_219_A02	7952848	7986832	33984	13415
309	CL_215_G05	7973417	8004567	31150	24647
310	CL_236_D04	7979920	8016362	36442	12849
311	CL_237_C12	8003513	8042771	39258	14513
312	CL_238_D08	8028258	8064896	36638	13949
313	CL_223_E06	8050947	8092122	41175	9583
314	CL_217_G11	8082539	8129200	46661	18064
315	CL_238_C12	8111136	8152105	40969	1273
316	CL_236_F04	8150832	8190414	39582	14460
317	CL_225_G01	8175954	8205014	29060	9775
318	CL_225_B04	8195239	8239837	44598	8477
319	CL_237_G02	8231360	8270898	39538	16322
320	CL_214_F03	8254576	8292853	38277	19044
321	CL_237_B04	8273809	8313700	39891	11286
322	CL_033_F09	8302414	8334989	32575	16005
323	CL_223_A02	8318984	8356086	37102	19226
324	CL_225_C04	8336860	8381772	44912	21769
325	CL_222_F10	8360003	8395258	35255	7389
326	CL_239_E01	8387869	8432053	44184	10875
327	CL_232_E11	8421178	8465446	44268	18393
328	CL_222_A11	8447053	8489308	42255	5529
329	CL_240_F05	8483779	8528668	44889	19918
330	CL_237_D04	8508750	8555634	46884	9409
331	CL_238_F01	8546225	8588985	42760	4210
332	CL_214_C01	8584775	8621871	37096	19026
333	CL_217_A09	8602845	8638388	35543	24667
334	CL_222_G04	8613721	8657808	44087	7060
335	CL_089_F07	8650748	8682145	31397	11213
336	CL_240_G09	8670932	8717510	46578	35951
337	CL_232_D01	8681559	8726590	45031	6344
338	CL_228_A10	8720246	8760942	40696	10274
339	CL_240_F04	8750668	8786694	36026	15486
340	CL_039_H12	8771208	8805187	33979	23735
341	CL_214_G06	8781452	8825497	44045	17576
342	CL_237_G12	8807921	8847356	39435	8915
343	CL_238_G05	8838441	8886022	47581	2697
344	CL_228_E11	8883325	8928401	45076	12983
345	CL_238_H01	8915418	8961368	45950	28346
346	CL_215_B03	8933022	8974026	41004	24352
347	CL_070_E06	8949674	8977362	27688	3568
348	CL_214_A07	8973794	9015605	41811	18267
349	CL_065_C03	8997338	9022740	25402	31869
350	CL_218_E01	8990871	9025181	34310

Map of ordering cosmid clones in S. avermitilis linear chromosome.


BLAST search in Ordering Cosmid Library

Information of cosmid vectors
Two cosmid vectors, Lorist6 and pKU402, were used for the construction of genomic library of Streptomyces avermitilis.